实验室根据国家“一带一路”倡议，结合实验室的现实基础，确定了以下的研究方向。
研究方向一、海洋渔业资源与生态系统管理
开展台湾海峡及其邻近水域渔业生物学基础、渔业资源评估与管理、渔业生态系统动力学和渔业资源增养殖研究；
研究方向二、海洋经济物种种群遗传学和濒危物种保护遗传学的研究
开展海洋经济物种（鲍、青蟹、鳗鱼、鲈鱼、石斑鱼、大黄鱼等）种群遗传学的研究和濒危物种（文昌鱼、中华鲎、长毛明对虾等）的保护遗传学的研究；
研究方向三、海洋经济物种生态健康养殖的研究
开展海洋经济物种（鲍、青蟹、鳗鱼、鲈鱼、石斑鱼、大黄鱼等）的生态健康养殖技术研究，根据不同物种的养殖特性，设计最适的水域环境和养殖密度，采取科学的养殖方式，有效提高饲料的利用率，从而提高养殖效益。
研究方向四、海洋渔业生态环境保护与修复
开展台湾海峡及其邻近水域生态环境监测与健康管理、退化渔业环境修复与调控和湿地保护与生态修复。
